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-====== Le Monde – Le microbiote vaginal, l’écosystème trop peu connu qui régule la santé des femmes ======
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-Sciences
-Le microbiote vaginal, l’écosystème trop peu connu qui régule la santé des femmes
-Cet écosystème sensible, qui abrite plusieurs milliards de bactéries assurant sa protection contre des microbes pathogènes, joue un rôle-clé dans plusieurs infections sexuellement transmissibles et est associé à la fertilité et au bien-être général.
-Par Pascale Santi
-Par Pascale Santi
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-Yasmine Gateau
-YASMINE GATEAU
-Si le microbiote intestinal est maintenant bien identifié par le grand public, notamment pour ses interactions avec un grand nombre de maladies, son cousin vaginal est, lui, resté dans l’ombre. Or, le microbiote uro-génital représente quelque 9 % du microbiote humain – qui comprend aussi les microbiotes oral, cutané, ou encore respiratoire. Cette méconnaissance, ou désintérêt relatif, touche également le monde des chercheurs. En 2024, environ 3 400 articles portant sur le microbiote vaginal ont été recensés dans la base de données Web of Science, contre plus de 110 000 pour le microbiote intestinal. En 2010, il ne dépassaient pas la cinquantaine (803 pour le microbiote intestinal). Un retard qui s’explique en partie par les tabous persistants autour de la santé génitale féminine et aussi par un biais masculin encore prégnant de la recherche.
-« Les liens entre microbiote vaginal et santé sont pourtant très forts – infections sexuellement transmissibles, fertilité, bien-être général », soulignent Samuel Alizon, directeur de recherche au CNRS et directeur de l’équipe écologie et évolution de la santé du Centre interdisciplinaire de recherche en biologie (CIRB) au Collège de France, à Paris, et la chercheuse en épidémiologie et en microbiologie fondamentale Jeanne Tamarelle (université de Lausanne). Dans un article commun, à paraître dans Médecine/Sciences, les deux scientifiques insistent sur la nécessité de « développer des approches de prévention et de soin, sans pour autant tomber dans une pathologisation excessive ». A l’instar de nombreuses femmes, Jeanne Tamarelle, qui a fait sa thèse sur Chlamydia trachomatis, se dit confrontée au manque d’informations scientifiques sur ce microbiote et au peu d’options thérapeutiques.
-Pourtant, à la différence du microbiote intestinal, celui du vagin, bien moins diversifié, est relativement bien décrit. Depuis plus d’un siècle, on sait que le vagin abrite son propre écosystème. C’est le gynécologue allemand Albert Döderlein qui a observé pour la première fois, en 1892, des bactéries sous forme de bacilles dans le vagin des femmes. D’abord appelées « flore de Döderlein », elles seront rebaptisées « Lactobacillus », des bactéries bénéfiques à l’équilibre intime. Le terme « microbiote vaginal » émerge avec l’avènement des techniques de biologie moléculaire dans les années 2000. Le séquençage de l’ADN permet ainsi de mieux caractériser les différentes espèces.
-En 2011, Jacques Ravel, professeur de microbiologie à l’Ecole de médecine de l’université du Maryland et directeur du centre pour la recherche avancée sur le microbiote et l’innovation, publie, dans PNAS, un article qui fait date. Il identifie pour la première fois cinq types de communautés vaginales (Community State Types, CST). Quatre d’entre elles sont dominées par des Lactobacillus, notamment L. crispatus, la plus fréquente, L. iners, L. gasseri et L. jensenii. « Trois types – L. crispatus, L. gasseri et L. jensenii – correspondent à ce que j’appelle un “état optimal”, un terme que je préfère à celui de “sain”, car il ne signifie pas “parfait” », explique le chercheur. Seul L. iners est, lui, considéré comme « sous-optimal ».
-En revanche, la cinquième communauté, dite « CST IV », regroupe majoritairement des germes anaérobies (qui se développent sans oxygène) comme Gardnerella, Prevotella, Fannyhessea (anciennement appelée Atopobium)… avec peu ou pas de lactobacilles. Qualifié de « non optimal », ce microbiote déséquilibré est souvent associé à une vaginose bactérienne (une pathologie qui se manifeste par des symptômes tels que des sécrétions vaginales inhabituelles, des sensations de brûlure, etc.) et un risque accru de contracter une infection sexuellement transmissible (VIH, HPV, qui peut provoquer des verrues génitales ou des cancers, ou encore Chlamydia trachomatis).
-Dysbiose et infertilité
-Mais peut-on vraiment définir ce qu’est un bon microbiote ? Pas si simple, répond Jeanne Tamarelle : « Une dysbiose [déséquilibre de la flore génitale] n’entraîne pas forcément de symptômes. » Jean-Marc Bohbot, infectiologue à l’Institut Fournier (Paris), ajoute : « Un microbiote optimal est généralement dominé par des lactobacilles protecteurs, mais il existe une telle variabilité entre les femmes qu’il est difficile de parler de ce qui est normal ou pas normal. » D’autant plus que le microbiote vaginal évolue au fil de la vie, influencé par l’âge, les hormones, les comportements sexuels ou encore l’usage de produits d’hygiène. Ce champ de recherche en plein essor reste toutefois sous-exploré.
-Autre conséquence de taille sur la santé, la dysbiose est associée à un risque d’infertilité et d’accouchement prématuré. « Les causes de l’infertilité sont multifactorielles, mais des données récentes montrent qu’une dysbiose génitale, dont la vaginose par exemple, semble diminuer les chances de grossesse et augmenter le risque de fausse couche », dit la professeure Sophie Brouillet, hospitalo-universitaire au laboratoire de biologie de la reproduction du CHU de Montpellier. « L’étude du microbiote vaginal ou endométrial fait partie des pistes prometteuses, même si on ne comprend pas tout », explique-t-elle. Depuis 2022, le Collège national des gynécologues et obstétriciens français (CNGOF) préconise, dans ses recommandations sur la prise en charge des couples infertiles, de réaliser une exploration microbiologique vaginale et de traiter toute vaginose bactérienne symptomatique.
-Plusieurs questions se posent : faut-il tenter de soigner les patientes avec des probiotiques ou des transplantations de la flore vaginale ? Est-ce que les effets des traitements durent dans le temps ? Faut-il traiter quand la patiente a une dysbiose mais est asymptomatique ? questionne Sophie Brouillet. Existe-t-il vraiment un microbiote purement endométrial ?
-Par ailleurs, des études manquent sur l’association avec le syndrome des ovaires polykystiques (SOPK), les infections urinaires ou l’endométriose.
-Autre inconnue : la transmission du microbiote de la mère à l’enfant. Pour les bébés nés par césarienne, « des études consistant à badigeonner le visage du bébé avec les sécrétions vaginales de la mère au moment de l’accouchement sont menées, mais suscitent beaucoup de controverses », souligne le professeur Jacky Nizard, chef du service de gynécologie obstétrique de la Pitié-Salpêtrière (AP-HP). Quant au professeur Yves Ville, chef de service de la maternité Necker-Enfants malades (AP-HP), il remet en question « l’idée que la césarienne favoriserait l’émergence de certaines pathologies par une absence ou modification du microbiote ».
-Souvent reléguées au rang de simples infections passagères, la vaginose bactérienne et la mycose vaginale peuvent avoir des répercussions bien plus larges sur la santé sexuelle globale et l’estime de soi des patientes. Selon Jean-Marc Bohbot, « environ 20 % des femmes qui font des candidoses – ou mycoses liées à la prolifération du champignon Candida albicans – récidivantes présentent un déséquilibre du microbiote. Dans ces cas-là, elles sont associées avec une vaginose ».
-Dysbiose asymptomatique
-Revenons au rôle de cette flore peu connue. Les lactobacilles créent un environnement protecteur en transformant le glycogène sécrété par l’épithélium vaginal (la paroi) en acide lactique, maintenant un pH vaginal acide, entre 3,5 et 4,5, hostile à de nombreuses bactéries ou virus pathogènes.
-Pour évaluer ces micro-organismes, un test simple, fait en cabinet, mesure l’acidité du vagin. Réalisé en laboratoire, le score de Nugent est un examen microscopique d’un prélèvement vaginal, mais il se limite à quantifier les lactobacilles. Certaines techniques plus avancées commencent à se développer. Ainsi le laboratoire Cerba propose depuis quelques mois un séquençage haut débit qui permet d’avoir la composition précise du microbiote. « Il peut être demandé par des médecins ou sages-femmes pour des femmes dont la vaginose n’a pas été correctement diagnostiquée », explique Camille d’Humières, biologiste médicale à Cerba. Un bémol : ce test, qui coûte 250 euros, n’est pas remboursé.
-Mais l’essor de ces technologies soulève aussi des inquiétudes. De nombreuses start-up commercialisent désormais des tests de microbiote, principalement en ligne. Une tendance critiquée par Jacques Ravel : « Ils sont souvent peu fiables, sans aucune validation scientifique ni régulation. »
-Et le test ne dit pas tout. « Avoir une dysbiose n’est pas forcément associé à des symptômes ni à une maladie », insiste Jeanne Tamarelle. De nombreuses femmes ayant une vaginose – présence de bactéries telles que Gardnerella vaginalis – ne ressentent aucun symptôme… Avoir un microbiote divers n’est pas forcément un problème. Tout dépend du contexte : projet de grossesse, vie sexuelle, etc.
-Pour Jean-Marc Bohbot, la vaginose représente le stade ultime d’un déséquilibre de la flore vaginale. « On peut observer une discordance entre ce que l’on voit cliniquement et ce que ressent la femme, et le résultat d’analyses », insiste le spécialiste.
-En effet, si elle décrit des pertes anormales, plus abondantes que d’habitude, ou plus liquides, parfois irritantes, de couleur parfois un peu jaune-verdâtre, ou grisâtre, et surtout, avec une mauvaise odeur, comme du poisson pourri, c’est une vaginose. « Je suis confrontée presque quotidiennement à des patientes qui viennent pour des pertes qu’elles attribuent à une mycose, alors qu’il s’agit souvent d’un déséquilibre du microbiote vaginal », constate Juliane Berdah, gynécologue et endocrinologue à Paris.
-Vaginose bactérienne
-L’enjeu est de taille, car la vaginose bactérienne (VB) est l’infection vaginale la plus fréquente chez les femmes en âge de procréer, avec une prévalence de 23 % à 29 % en fonction des régions du monde, selon une étude de la revue de l’association américaine Infections sexuellement transmissibles. Les chercheurs relèvent aussi des différences notables en fonction de l’origine ethnique des patientes, sans explication définitive à ce jour.
-Comment la prendre en charge ? Il importe d’agir s’il y a des symptômes. Le traitement de base consiste à la prise d’un antibiotique par voie orale, le métronidazole, parfois associé à un autre antibiotique par crème, la clindamycine.
-A court terme, les antibiotiques fonctionnent généralement bien en diminuant les symptômes et la charge bactérienne, notamment les Gardnerella. Mais à long terme, la vaginose persiste souvent, peut-être du fait que certaines espèces sous-optimales recolonisent l’environnement plus rapidement.
-En outre, plutôt considérée comme une simple affection locale, la vaginose bactérienne pourrait en réalité impliquer le partenaire sexuel. Une étude parue en mars dans le New England Journal of Medicine, menée sur 164 couples hétérosexuels, a montré que le traitement du partenaire sexuel permettait de réduire le risque de récurrence de la vaginose. En cause : la possible transmission des bactéries lors des rapports sexuels. « La vaginose n’est pas une infection qu’on attrape comme une infection sexuellement transmissible, mais des échanges bactériens entre partenaires peuvent clairement jouer un rôle », précise le docteur Jean-Marc Bohbot. Cette étude ne cesse de susciter des débats.
-Les solutions pour rééquilibrer la flore vaginale sont limitées. Depuis 2022, l’usage de probiotiques par voie vaginale est encadré en Europe : ils doivent désormais avoir le statut de médicament pour être autorisés. Alors que faire ? « Il faut d’abord rechercher les facteurs de risque de déséquilibre – comme le tabac, le stress ou les fluctuations hormonales – avant toute prescription », avertit le docteur Bohbot. Il met en garde contre l’automédication : « Les probiotiques par voie orale ne doivent pas être pris sans indication claire, sauf éventuellement en préménopause. Mais les données restent hétérogènes. » Il en prescrit d’ailleurs sur des durées de quelques mois, tout comme, par exemple, Juliane Berdah.
-Mais les avis sont divergents. « La plupart des probiotiques par voie orale qu’on voit en pharmacie n’ont pas d’effet démontré », tranche Samuel Alizon. Même écho chez Sarah Lebeer (microbiologiste), Jacques Ravel ou Jacky Nizard.
-A l’instar de la greffe fécale, quelques essais sont menés sur la transplantation de microbiote vaginal. Une étude pionnière, publiée dans Nature Medicine fin 2019, conduite par la gynécologue Ahinoam Lev-Sagie (centre médical Hadassah, à Jérusalem) et l’équipe du professeur Eran Elinav de l’Institut Weizmann (Rehovot, Israël), a pour la première fois montré que, sur cinq femmes atteintes de vaginose bactérienne récidivante, quatre ont connu une rémission complète pendant plusieurs années de suivi. « Nous finalisons actuellement d’autres travaux sur le sujet. Les résultats devraient nous permettre de progresser dans la compréhension de cette procédure », confie Ahinoam Lev-Sagie.
-La flore vaginale « normale » (colonne de gauche) est principalement composée de lactobacilles en forme de bâtonnets, tandis que la vaginose bactérienne (colonne de droite) se caractérise par une prolifération de bactéries qui peuvent être de plusieurs espèces.
-La flore vaginale « normale » (colonne de gauche) est principalement composée de lactobacilles en forme de bâtonnets, tandis que la vaginose bactérienne (colonne de droite) se caractérise par une prolifération de bactéries qui peuvent être de plusieurs espèces. MIKAEL HÄGGSTRÖM, M.D/HIPPA
-Des enjeux politiques et sociaux
-D’autres équipes s’y intéressent. Johan van Hylckama Vlieg, cofondateur de la start-up danoise Freya Biosciences, rapporte une nouvelle étude (non encore publiée) montrant une « augmentation significative des lactobacilles dans le groupe ayant reçu une greffe ». Un cas individuel particulièrement marquant a été relayé dans The Lancet en 2024 et sur les réseaux sociaux, celui de Pernille Burgdorf, une Danoise de 30 ans ayant subi trois fausses couches. Après une transplantation de microbiote vaginal et sans recours à un traitement antibiotique, elle a pu mener une grossesse à terme.
-D’autres essais sont menés avec des « immunothérapies microbiennes », une classe dont les microbes sont l’ingrédient actif, parmi lesquels l’un « vise à réduire les symptômes de la vaginose bactérienne », explique Johan van Hylckama Vlieg.
-Un probiotique, issu d’une souche spécifique de L. crispatus appelée « Lactin-V », avec un traitement antibiotique, a été évalué pour restaurer la flore et prévenir la récidive de la vaginose bactérienne chez les femmes aux Etats-Unis. Lors de cet essai clinique, 45 % des femmes ayant reçu un traitement antibiotique et un placebo ont présenté une récidive de la vaginose bactérienne à trois mois, contre seulement 30 % des femmes ayant reçu l’antibiotique plus le Lactin-V. Mais il n’y avait plus d’effet significatif à six mois.
-Autre approche : « Nous avons aussi testé chez des femmes un produit avec six souches de Lactobacillus crispatus, associé au métronidazole, en Afrique du Sud et à Boston. Les résultats semblent très positifs », souligne Jacques Ravel, également fondateur et directeur scientifique de Luca Biologics, et président du comité scientifique de Seed Health, deux sociétés proposant des probiotiques.
-« Notre équipe, en collaboration avec des départements de biologie de la reproduction, fait des demandes pour conduire une étude clinique avec un millier de femmes en parcours de FIV ayant un diagnostic de vaginose, qui recevraient le placebo, ou le probiotique conçu par Seed, et fabriqué par la société française Biose, à Aurillac », précise Samuel Alizon.
-Les résultats des essais en cours sont donc contrastés. Pour Jeanne Tamarelle, « il persiste un doute sur la capacité à modifier durablement le microbiote ».
-Au-delà de la recherche médicale, le sujet soulève des enjeux politiques et sociaux. « Il s’agit aussi pour les femmes de reprendre le pouvoir sur leur santé, de connaître leur corps, leurs symptômes, de déchiffrer des analyses », affirme Jeanne Tamarelle. Pour ce faire, elle a fondé l’association Agnodice (du nom d’une gynécologue de la Grèce antique), qui anime des ateliers participatifs lors desquels les femmes partagent leur expérience et accèdent à des connaissances longtemps restées entre les mains du corps médical.
-Analyser ou ne pas analyser ?
-Pour pallier le manque de modèle animal, un modèle de vagin sur puce (vagina-on-a-chip) a été développé en 2022 par l’équipe de Donald Ingber, directeur du Wyss Institute (université Harvard, Massachusetts), pour recréer l’environnement microbien du vagin. Cela permet ainsi d’évaluer sa colonisation par des L. crispatus ou, par des Gardnerella vaginalis, et de mesurer les réponses immunitaires associées. Jacques Ravel développe également un outil de ce type.
-En France, les mentalités évoluent néanmoins, portées par une petite communauté mobilisée. L’Académie du microbiote uro-vaginal (AMUR), fondée en 2022 par Jean-Marc Bohbot, qui la préside, et Jacques Ravel, a pour mission de mieux informer les soignants, les patients, et de soutenir la recherche sur ce sujet longtemps négligé. Samuel Alizon prépare pour septembre la 3e édition d’une conférence dédiée au sujet, accueillie par le CIRB et le Collège de France.
-Mais une question persiste : faut-il systématiquement analyser son microbiote vaginal ? Et surtout, faut-il chercher à le « normaliser » ? Pour Jeanne Tamarelle, la réponse n’est pas si simple. « Est-il souhaitable de faire basculer toutes les femmes vers un microbiote riche en lactobacilles ? Est-ce même possible ? », interroge la chercheuse. Jacques Ravel abonde : « Si tout va bien, il n’y a aucune raison de faire ce type de test. Mais lorsqu’une femme rencontre des problèmes, par exemple des difficultés à tomber enceinte, le médecin doit aussi regarder les causes associées au microbiote. »
-« Voir les femmes ayant des CST-IV comme des personnes à “guérir” fait l’impasse sur le fait que, pour certaines, cette CST est “normale” et non “pathologique”, pour reprendre la terminologie du philosophe de formation médicale Georges Canguilhem », écrivent, dans leur article de Medecine/Science, Samuel Alizon et Jeanne Tamarelle.
-Cette question de « microbiote sain » se situe au cœur des travaux de plusieurs chercheuses, comme l’explique un article récemment publié dans Trends in Microbiology. L’enjeu : mieux cartographier la diversité de ce microbiote essentiel à la santé féminine, trop souvent étudié à travers le prisme limité des pays occidentaux. C’est pour dépasser ces biais qu’est né Isala, du nom de la première femme médecin, un projet de science citoyenne lancé par la microbiologiste Sarah Lebeer (université de Anvers, Belgique). L’objectif ? Collecter à travers le monde des échantillons auprès de femmes en bonne santé – en Belgique, en France (avec le projet Madeleine), au Cameroun (Leke), etc. –, afin de dresser une carte plus représentative du microbiote vaginal mondial. Ces recherches portent aussi sur le potentiel thérapeutique de certaines molécules bioactives.
-En France, pour diversifier les profils étudiés, d’autres chercheurs souhaitent s’appuyer sur de grandes études de santé publique. C’est le cas de Samuel Alizon, qui espère pouvoir réanalyser des échantillons de l’enquête « Contexte des sexualités en France » (CSF-2023) menée par la sociologue (Inserm-EHESS) Nathalie Bajos. Selon le chercheur, « une partie des participantes a réalisé un dépistage d’IST. Cela constituerait une base précieuse pour explorer les microbiotes dans la population générale, hors des biais habituels ».
-Les éventuels liens d’intérêt des personnes citées sont consultables sur Transparence.sante.gouv.fr
-A lire en complément de cette enquête
-Mis à jour hier à 17h58
-Comment prendre soin de son microbiote vaginal
-Grande variable de leur santé, l’écosystème intime des femmes est très influencé par le mode de vie : sexualité, hygiène, contraception, prise d’antibiotiques, tabac, alcool ou stress jouent un rôle important dans son évolution.
-Pascale Santi
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